MySQL使用环境变量TMPDIR的值作为保存临时文件的目录的路径名。如果未设置TMPDIR，MySQL将使用系统的默认值，通常为/tmp、/var/tmp或/usr/tmp。如果包含临时文件目录的文件系统过小，可对mysqld使用“—tmpdir”选项，在具有足够空间的文件系统内指定1个目录。
在MySQL 5.1中，“—tmpdir”选项可被设置为数个路径的列表，以循环方式使用。在Unix平台上，路径用冒号字符“:”隔开，在Windows、NetWare和OS/2平台上，路径用分号字符“;”隔开。注意，为了有效分布负载，这些路径应位于不同的物理磁盘上，而不是位于相同磁盘的不同分区中。
如果MySQL服务器正作为复制从服务器使用，不应将“--tmpdir”设置为指向基于内存的文件系统的目录，或当服务器主机重启时将清空的目录。对于复制从服务器，需要在机器重启时仍保留一些临时文件，以便能够复制临时表或执行LOAD DATA INFILE操作。如果在服务器重启时丢失了临时文件目录下的文件，复制将失败。
MySQL会以隐含方式创建所有的临时文件。这样，就能确保中止mysqld时会删除所有临时文件。使用隐含文件的缺点在于，在临时文件目录所在的位置中，看不到占用了文件系统的大临时文件。
进行排序时（ORDER BY或GROUP BY），MySQL通常会使用1个或多个临时文件。所需的最大磁盘空间由下述表达式决定：
(length of what is sorted + sizeof(row pointer))
* number of matched rows
* 2
“row pointer”（行指针）的大小通常是4字节，但在以后，对于大的表，该值可能会增加。
对于某些SELECT查询，MySQL还会创建临时SQL表。它们不是隐含表，并具有SQL_*形式的名称。
ALTER TABLE会在与原始表目录相同的目录下创建临时表。